Avant tout, il faut savoir que lors de la pulvérisation des pesticides une grande partie (plus de 90%) des pesticides n'atteint pas la cible visée. Ainsi, une grande parties des traitement atterrit dans les sols. De plus le devenir de chaque pesticide dépend de leur composition chimique. 

​

L’accumulation des produits phytosanitaires met en danger la fertilité du sol. La fertilité du sol est, entre autre, due à la présence d’insectes et de vers de terres qui représentent plus de la moitié de la biomasse d’origine animale présente dans le sol. Les vers de terre vont jouer un rôle important dans la fertilité de la terre en la rajeunissant et en l’ oxygénant. En effet, en creusant leurs galeries, les vers de terre permettent une bonne aération du sol avec une circulation optimale de l'eau et un meilleur développement des racines dans la terre ameublie. Or, on trouve au moins deux fois moins d'espèces de vers de terre dans les sols français cultivés avec des engrais chimiques et des pesticides que dans les prairies. Dans certaines exploitations, ceux-ci ont même presque été totalement éradiqués (constat réalisé depuis de nombreuses années par des microbiologistes des sols). Les pesticides ont donc un impact négatif sur la richesse du sol.

​

Les pesticides sont essentiellement transportés par l’eau à travers le sol. Lors de leur voyage dans le sol ses produits subissent trois étapes: lixiviation, stabilisation et enfin la dégradation.

​

La lixiviation: désigne l'entraînement des sels solubles vers la profondeur. Les chercheurs ont découvert que l’eau empruntait des voies de circulation souterraine pour se diriger en profondeur, mais un partie de cette eau ne participe pas à ce phénomène car elle est immobilisée. Ainsi, le taux de pesticides entraîné en profondeur dépend de la migration de ces dernier vers l'eau qui est en mouvement.

Donc, il est évident qu’une forte pluie, après un traitement, accentue le taux de pesticides transporté  à travers le sol. Alors, cela devient dangereux et menaçant pour le sol.

​

La stabilisation: correspond à la mobilisation de pesticides. Durant cette étape, ces produits restent sans bouger dans le sol où ils sont partiellement dégradés et plus ou moins liés au substituants du sol. Ainsi, ces substituants absorbent les molécules et les ions de ces produits phytosanitaires. 

Cependant, la capacité d'absorption d’un sol est limitée: elle dépend de la molécule absorbée mais aussi de la composition du sol. Les pesticides absorbés ont la capacité de supprimer les effets biologiques du sol. Ainsi, les pesticides ne sont plus dégradés et s’accumulent dans le sol.

​

La dégradation: Durant cette étape une partie des pesticides est dégradée. Les pesticides subissent une modification de leur structure moléculaire et ainsi des métabolites sont créés. Cette étape permet de diminuer la quantité de matière active dans le sol. Ce phénomène est très important car il engendre la dépollution d’une grande partie des compartiments environnementaux contaminés. Mais attention, cela est efficace si et seulement si la minéralisation est totale et qu’elle permet d'obtenir un molécule minérale (H2O, CO2, NH3…). Au contraire si cela ne se produit pas, les métabolites qui sont créés peuvent engendrer un forte pollution du sol.

La dégradation se fait essentiellement par les organismes de la microflore du sol (bactéries, actinomycètes, champignons, algues, levures…) et a une faible profondeur.